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I am Ben (Research Scientist) and I develop the current website with Django to share my notes. I also recently started to share some projects on Github.

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Comment obtenir une liste des modules python disponibles ou utilisés dans un script pour créer un fichier requirements.txt ?

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28 septembre 2020

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Exemples de comment obtenir une liste des modules python disponibles ou utilisés dans un script pour créer un fichier requirements.txt ? [TOC] ### Obtenir une liste des modules python disponibles Pour obtenir une liste des modules python disponibles, une solution est d'utiliser: pip freeze donne par exemple: absl-py==0.9.0 alabaster==0.7.10 anaconda-client==1.6.9 anaconda-navigator==1.7.0 anaconda-project==0.8.2 appnope==0.1.0 appscript==1.0.1 asn1crypto==0. ...

freeze_jupyter_notebook.png

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28 septembre 2020

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How to get a list of python modules (with version for each module) and create a requirements.txt file ?

Article
26 septembre 2020

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Examples of commands I used to get a list of python modules with corresponding versions. If you have better options to do that, your are welcome to add a comment or edit the note. [TOC] ### Get a list of python modules available in my current environment To get a list of python modules available, a solution is to use freeze: pip freeze returns for example: absl-py==0.9.0 alabaster==0.7.10 anaconda-client==1.6.9 anaconda-navigator==1.7.0 anaconda-project==0.8.2 a ...

django_docker.png

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24 septembre 2020

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How to use Docker with an existing Django project on my local machine ?

Article
24 septembre 2020

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An example (step by step) of how to use Docker with an existing Django project on my local machine: [TOC] ### An example of an existing Django project structure So let's consider the following django project called hereafter "myproject" with the following structure (which is a common structure of a Django project): myproject/ manage.py mydatabase.db myproject/ settings.py myfirstapp/ models.py ...

Comment tracer (visualiser) un réseau de neurones artificiels en python avec GraphViz ?

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19 septembre 2020

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Pour illustrer un projet de recherche utilisant un réseau de neurones, j'avais besoin d'un outil de visualisation simple. Vous trouverez ici quelques résultats basés sur la bibliothèque Graphviz: [TOC] ### Installer Graphviz pour python Pour installer par exemple Graphviz avec anaconda, il faut entrer les deux commandes suivantes: conda install -c anaconda graphviz et conda install -c conda-forge python-graphviz ### Tracer un simple graphe avec graphviz On peut ma ...

neural_network_01.png

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19 septembre 2020

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my_graph.png

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18 septembre 2020

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How to plot (visualize) a neural network in python using Graphviz ?

Article
18 septembre 2020

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To illustrate a research project that used a neural network, I needed a simple visualization tool. Here you will find some results based on the library Graphviz: [TOC] ### Install Graphviz in python To install Graphviz using anaconda, enter the following two commands: conda install -c anaconda graphviz Note: at this stage if you try: import graphviz you will get the error message: ModuleNotFoundError: No module named 'graphviz'. It is then necessary to install python-graphviz ...

github_intro_05.png

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08 septembre 2020

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github_intro_04.png

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08 septembre 2020

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github_intro_03.png

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08 septembre 2020

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github_intro_02.png

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08 septembre 2020

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github_intro_01.png

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08 septembre 2020

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Introduction à Github (installation et commandes de base)

Article
08 septembre 2020

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Résumé de mes premiers pas avec GitHub (pour information j'utilise un mac mais la plupart des commentaires ci-dessous sont valables pour d'autres systèmes): [TOC] ### Installer Github et créer un compte La premiere étape consiste à installer Github sur sa machine. Pour cela rendez vous sur la page [suivante](https://docs.github.com/en/desktop/installing-and-configuring-github-desktop/installing-github-desktop) (voir aussi [Installing Git – the easy way](https://gist.github.com/derhuer ...

How to transform (encode) a qualitative (categorical) variable into a quantitative variable with scikit learn in python ?

Article
25 août 2020

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Examples of how to transform (encode) a qualitative (categorical) variable into a quantitative variable with scikit learn in python ? [TOC] ### Input matrix Let's consider the following input matrix X: from sklearn import preprocessing import numpy as np X = np.array(('A','C','B','A','C','D','A')) of shape print(X.shape) (7,) that can be reshaped: X = X.reshape(-1,1) returns print(X.shape) (7, 1) ### Encoding the elem ...

Comment transformer (encoder) une variable qualitative en variable quantitative avec scikit learn en python ?

Article
11 août 2020

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Exemples de comment transformer (encoder) une variable qualitative en variable quantitative avec scikit learn en python: [TOC] ### Matrice d'entrée ("input matrix") Soit par exemple la matrix X suivante: from sklearn import preprocessing import numpy as np X = np.array(('A','C','B','A','C','D','A')) de dimension print(X.shape) (7,) que l'on peut redimensionner comme ceci X = X.reshape(-1,1) donne print(X.shape) (7, 1) ...

How to drop (remove) dataframe rows that contain NaN with pandas ?

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04 août 2020

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Examples of how to drop (remove) dataframe rows that contain NaN with pandas: [TOC] ### Create a dataframe with pandas Let's consider the following dataframe import pandas as pd import numpy as np A = np.random.randint(1,100, size=(10,3)) A = A * 1.0 n = 6 index = np.random.choice(A.size, n, replace=False) A.ravel()[index] = np.nan df = pd.DataFrame(A) print(df) returns 0 1 2 0 60.0 42.0 43.0 ...

Comment supprimer les lignes avec des NaN dans une dataframe avec pandas ?

Article
04 août 2020

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Exemples de comment supprimer les lignes avec des NaN dans une dataframe avec pandas: [TOC] ### Créer une dataframe avec pandas Soit par exemple la dataframe avec pandas suivante import pandas as pd import numpy as np A = np.random.randint(1,100, size=(10,3)) A = A * 1.0 n = 6 index = np.random.choice(A.size, n, replace=False) A.ravel()[index] = np.nan df = pd.DataFrame(A) print(df) donne 0 1 2 0 60 ...

How to calculate the determinant of a square matrix with numpy in python ?

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03 août 2020

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Examples of how to calculate the determinant of a square matrix with numpy in python: [TOC] ### Calculate the determinant of a matrix (method 1) To calculate a determinant in python a solution is to use the numpy function called [det()](https://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.linalg.det.html), example >>> import numpy as np >>> a = np.array(([-1,2],[-3,4])) >>> np.linalg.det(a) 2.0000000000000004 Another example >>> a = np.array(([-2,2 ...

How to randomly insert NaN in a matrix with numpy in python ?

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02 août 2020

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Examples of how to randomly insert NaN in a matrix with numpy in python: [TOC] ### Create a matrix with numpy Let's consider the following matrix import numpy as np A = np.random.uniform(10,80, size=(4,6)) print(A) returns [[52.34830542 43.7300926 65.65912419 74.47707968 47.7363097 31.78605372] [49.41123686 19.82268971 59.91408598 40.86920833 53.23834812 37.93559161] [16.18419498 42.49772722 76.53306408 30.90572765 38.15287236 72.44956349] ...

Comment insérer aléatoirement des NaN dans une matrice avec numpy en python ?

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02 août 2020

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Exemples de comment insérer aléatoirement des NaN dans une matrice avec numpy en python: [TOC] ### Créer une matrice avec numpy Soit par exemple la matrice A suivante: import numpy as np A = np.random.uniform(10,80, size=(4,6)) print(A) donne [[52.34830542 43.7300926 65.65912419 74.47707968 47.7363097 31.78605372] [49.41123686 19.82268971 59.91408598 40.86920833 53.23834812 37.93559161] [16.18419498 42.49772722 76.53306408 30.90572765 38.1528 ...

How to count the number of NaN in a pandas dataframe column ?

Article
01 août 2020

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Examples of how to count the number of NaN (Not a Number) in a pandas dataframe column: [TOC] ### Create a dataframe Let's create a simple dataframe import pandas as pd import numpy as np height = np.random.randint(130,200, size=20) weight = np.random.randint(140,300, size=20) age = np.random.uniform(10,80, size=20) n = 6 index = np.random.choice(age.shape[0], n, replace=False) age[index] = np.nan data = {'height':height, ...

Comment calculer le nombre de NaN dans une colonne d'une dataframe avec pandas en python ?

Article
31 juillet 2020

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Exemples de comment calculer le nombre de NaN (Not a Number) dans une colonne d'une dataframe avec pandas en python: [TOC] ### Créer une dataframe Commençons par créer une simple dataframe avec pandas import pandas as pd import numpy as np height = np.random.randint(130,200, size=20) weight = np.random.randint(140,300, size=20) age = np.random.uniform(10,80, size=20) n = 6 index = np.random.choice(age.shape[0], n, replace=False) age[inde ...

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